PyMOL 分子可视化工具安装教程

#PyMOL 简介

PyMOL 是一个由 Schrödinger 公司维护和分发的用户赞助型分子可视化系统，建立在开源基础之上。它是结构生物学领域广泛使用的专业工具，具有以下核心功能：

• 三维结构可视化：蛋白质、核酸、配体及复合物
• 科学分析：结构分析、测量、表面渲染
• 动画制作：支持动画和演示
• 自动化脚本：Python API 支持
• 插件扩展：丰富的社区生态
• 应用场景：科研出版、药物设计、教学

许可证获取

商业版安装前需获取许可证，有以下途径：

• 新用户：通过 pymol.org/buy.html 购买或申请为期一年的免费教育订阅，获取 license.lic 文件

• 现有用户：登录 pymol.org/dsc/ip/license/ 下载 license.lic 文件

安装方式选择

本教程提供三种方法，按平台分类如下：

#PyMOL 官网安装

访问 https://pymol.org/，登录或购买许可证后，下载对应平台的最新安装包。

WindowsmacOSUbuntu/Linux

1. 下载 .exe 安装程序
2. 双击运行，按向导完成安装（安装在 C 盘或者 D 盘）
3. 从开始菜单或桌面快捷方式启动 PyMOL
4. 第一次启动会弹出 license 提示，点击 Browse for License File 上传 license.lic 文件

#通过 conda 安装（推荐）

使用 Miniconda、Miniforge 或 Anaconda 来进行安装。若未安装，请从 docs.conda.io 下载，或参考 Conda 生信环境管理器安装教程。

环境准备

首先打开终端初始化，然后创建 PyMOL 专用环境：

1
# conda 初始化
2
conda init --all
3
# 创建 pymol 对应的 python 环境
4
conda create -n pymol_env python=3.10
5
# 激活 pymol 环境
6
conda activate pymol_env

选择版本安装

根据需要选择开源版或商业版：

• 开源版（无需许可证）

1
# 使用 conda 常规安装
2
conda install -c conda-forge pymol-open-source -y
3
# 使用 mamba 加速（可选）
4
mamba install -c conda-forge pymol-open-source -y

• 商业版（需许可证）

1
conda install -c conda-forge -c schrodinger pymol-bundle -y

启动方式

安装完成后，需要在终端启动 PyMOL：

1
# 激活环境
2
conda activate pymol_env
3
# 启动 pymol
4
pymol

#一键安装包（仅 Windows）

此方法仅适用于 Windows，提供社区维护的开源 PyMOL 安装包（基于 pymol-open-source，无需预装 Python）。

下载安装

1. 访问 PyMOL Wiki Windows Install 页面或 GitHub Releases

2. 点击 here 或通过 git 下载最新一键安装包
3. 双击 .exe 文件，按向导完成安装
4. 桌面会自动生成快捷方式